Es llicencià en filosofia (1963) a la Universitat de Madrid, on es doctorà (1965) amb la tesi La filosofía de Frege y el pensamiento contemporáneo. Professor a les universitats de Madrid (1963-65), Autònoma de Madrid (1965-72) i de La Laguna (1972-77), fou catedràtic de la Universitat de Barcelona (1977-79) i d’ètica de la Universidad Nacional de Educación a Distancia (UNED) (1979-2006). Fou director de l’Institut de Filosofia del Consell Superior d’Investigacions Científiques (CSIC) (1986-90).
És considerat el principal introductor i propagador de la filosofia analítica a l’Estat espanyol. Hom pot destacar en aquest sentit els seus articles publicats els anys setanta en revistes com Teorema, Zona Abierta o Sistema, com també la recopilació d’escrits dels filòsofs analítics més prestigiosos aplegats en el volum La concepción analítica de la filosofía (1974). Altres obres destacades són La razón sin esperanza (1977) i Desde la perplejidad (1990). El 1990 fundà la revista de filosofia moral i política Isegoría. Promogué l’Enciclopedia Iberoamericana de Filosofía (1992-2017, 33 vol.).
Fou investit doctor honoris causa per la Universitat de La Laguna (2007). L’any 2022 la UNED creà el premi Javier Muguerza d’investigació en filosofia.