Un dels artistes més innovadors dins del panorama musical de l’Estat espanyol, fou pioner en la pràctica de la música electroacústica. Començà els estudis musicals a Las Palmas, on fou alumne de Luis Prieto. El 1945, a Barcelona, assistí a les classes de Xavier Montsalvatge a l’Acadèmia Marshall, i més tard amplià els estudis a Madrid, on formà part de la Generació del 51. Fou en aquesta darrera ciutat on, per mitjà del compositor xilè Pablo Garrido, entrà en contacte amb el dodecatonisme. Durant els anys cinquanta i seixanta estudià successivament a París, Ginebra i Darmstadt, i es decantà per la música experimental i d’avantguarda. Segons ell mateix afirma, les dues figures més influents al llarg de la seva trajectòria artística han estat els músics nord-americans David Tudor, a qui conegué el 1956, i John Cage, amb el qual coincidí al festival de Darmstadt, el 1958, on fou el primer compositor espanyol a participar. La influència d’aquests compositors, juntament amb l’estudi de cultures i filosofies orientals, com ara el zen, provocaren un canvi en la seva trajectòria, marcada fins llavors pel dodecatonisme i el serialisme.
Entre les primeres obres on es veu aquest gir estilístic destaquen Milán piano (1959), Roma dos pianos (1963) i Aulaga 2 (1964). Participà en els concerts de Música Oberta a Barcelona (1960) i fundà, a Madrid, juntament amb Ramón Barce i Walter Marchetti, el grup Zaj (1964), formació amb un plantejament interdisciplinari que entrecreuava l’art experimental amb el conceptual i la música d’avantguarda. Amb aquest grup creà “músiques silencioses”, peces en les quals es barrejava un piano amb objectes visuals, cromàtics i amb moviments en què es fa visible l’abstracció musical a través de l’estímul dels diferents sentits.
Fou poc comprès i la seva obra no començà a gaudir de reconeixement fins al final dels anys vuitanta i el començament dels noranta. Després de catorze anys de silenci compositiu dedicats a les arts plàstiques, el 1998 escriví l’obra per a orquestra Tal vez/Perhaps, estrenada a Las Palmas el 2000. El Centro Atlántico de Arte Moderno de Las Palmas de Gran Canària presentà l’exposició retrospectiva de la seva obra “De Juan Hidalgo (1957-1997)”. El 2005 exposà a la mostra “Desacuerdos” del MACBA. Fou Medalla d’Or del mèrit en les belles arts del Ministeri de Cultura espanyol (1989) i, el 2016, Premio Nacional d’arts plàstiques.