De família cristiana, però educat en l’agnosticisme, estudià sociologia a la Universitat Francesa de Beirut. Posteriorment, exercí el periodisme al diari An Nahar. El 1976, arran de la guerra del Líban, emigrà a París on fou redactor en cap de la revista Jeune Afrique i posteriorment es dedicà a escriure.
La seva obra té com a epicentre les relacions entre identitats i cultures i les seves derivacions sovint conflictives, en particular entre l’islam i occident. El 1983 publicà Les croisades vues par les arabes (1983), que tingué un notable ressò per la perspectiva inhabitual a Occident que donà d’aquests fets. Els assaigs posteriors sobre aquests temes són Les Identités meurtrières (1998), una reflexió sobre el poder i els conflictes interculturals, Origines (2004), on ressegueix la història de la seva família i Le Dérèglement du monde (2009), sobre les dificultats d’entesa entre cultures i l’anomenat “xoc de civilitzacions”. L’any 2016 publicà Un fauteuil sur la Seine: quatre siècles d’histoire de France, biografies dels 18 escriptors que havien ocupat el seu escó a l’Académie Française, on ingressà el 2011.
Ha difós també les seves preocupacions a través d’una fèrtil producció novel·lística, ambientada generalment en episodis o personatges històrics del Pròxim Orient, que ha difós les seves preocupacions: Léon l’Africain (1986), Samarcande (1988), Les jardins de lumière (1991), Le Premier Siècle après Béatrice (1992), Le rocher de Tanios (1993, amb la qual guanyà el premi Goncourt), Les échelles de Levant (1995) i Le périple de Baldassare (2000) i Les désorientés (2012) i Nos frères inattendus (2020). És també autor dels llibrets de les òperes L’amour de loin (2001) i Adriana Mater (2004) i Émilie (2010) i de l’oratori La passion de Simone (2006), composicions de Kaija Saariaho. L’any 2010 fou guardonat amb el premi Príncipe de Asturias de les lletres, i el 2012 rebé la insígnia de la Legió d’Honor de la República francesa.