Està considerada la institució privada d’aquestes característiques més important d’Europa. Els fons provenen de la col·lecció de l’hoteler i mecenes Jordi Clos, que originàriament ocupaven uns locals de la Rambla de Catalunya i que l’any 2000 es traslladaren a una nova seu més àmplia, situada en un immoble del carrer de València de Barcelona, restaurat per l’arquitecte Jordi Garcés.
Els objectes exposats estan organitzats en àmbits temàtics: el faraó, càrrecs i personatges privats, arts i oficis, cosmètica i erotisme, creences i pràctiques funeràries, la tomba i el seu contingut, el cultes als temples i déus egipcis, segons un projecte museogràfic que pretén donar tot el protagonisme als objectes, però mantenint un marcat caràcter didàctic.
A part de les àrees d’exposició, el museu disposa de tres aules per a cursos i una biblioteca amb deu llocs per a consulta i més de 10.000 exemplars. La Fundació cedí 37 peces de la seva col·lecció al Museu de les Cultures del Món de Barcelona, inaugurat el febrer del 2015.