Constituït al final del 1996 com un organisme públic amb personalitat jurídica pròpia, té els orígens en la col·laboració de les tres biblioteques universitàries de Barcelona que iniciaren processos d’automatització el 1990. El nombre d’universitats cresqué ràpidament i cinc anys després calgué un sistema d’automatització de biblioteques que substituís els antics i permetés l’automatització de les biblioteques de les noves universitats. El primer projecte del CBUC fou l’elaboració del Catàleg Col·lectiu de les Universitats de Catalunya (CCUC) i, com a conseqüència dels resultats positius, aviat se n'emprengueren d’altres, com ara el préstec interbibliotecari, les adquisicions conjuntes, la formació col·lectiva, l’establiment d’un protocol per a avaluar els serveis bibliotecaris, i la Biblioteca Digital de Catalunya. El primer i l’últim d’aquests projectes són els més importants i de més ressò extern. El CCUC té més d’un milió i mig de registres bibliogràfics i dóna accés a més de tres milions de documents de prop de cent biblioteques de Catalunya. La Biblioteca Digital de Catalunya, iniciada el 1999, té l’objectiu d’oferir una col·lecció interdisciplinària bàsica de recursos electrònics consultables des de qualsevol biblioteca del CBUC i seleccionats seguint criteris d’interès per a les biblioteques, qualitat de l’accés i condicions econòmiques. El CBUC és organitzat en un consell de govern, una comissió executiva, una comissió tècnica, una oficina central i grups de treball. Aquests darrers, formats per tècnics de les biblioteques, dissenyen i realitzen els programes.