Fou fundada l’any 1962 a Alemanya. Està reconeguda oficialment com a organisme consultor per l’Organització Mundial de la Salut. Agrupa vuit branques estatals (Alemanya, Bèlgica, Espanya, França, Holanda, Irlanda, Itàlia i Suïssa) i set organitzacions afiliades. És independent tant confessionalment com políticament. A Espanya, Medicus Mundi té diverses associacions territorials que funcionen de manera autònoma i que formen la Federació Medicus Mundi Espanya.