Graduat en literatura comparada i llengües romàniques a la Universitat d’Innsbruck (Àustria), el 1982 retornà a Croàcia (aleshores dins la República Federativa Socialista de Iugoslàvia), i treballà per a l’agència estatal de turisme a Dalmàcia, i posteriorment fou cap d’edicions en una editorial i editor de revistes. Al final dels anys vuitanta retornà a Àustria, on es doctorà. Després d’intentar sense èxit establir-se en el sector privat, retornà a Croàcia durant el desmembrament de Iugoslàvia.
Protegit per Franjo Tudjman, líder de la Unió Democratacristiana de Croàcia (HDZ), el 1991 fou nomenat director del Teatre Nacional de Split i el 1992 fou elegit diputat a la Cambra de Representants del parlament croat per l’HDZ, i nomenat ministre de Ciència i Tecnologia fins al gener de 1993, que passà a exercir com a viceministre d’Exteriors fins l’any 2000, càrrec en el qual tingué una participació destacada en l’establiment de la Federació Croatomusulmana de Bòsnia-Hercegovina, negocià la retirada del requeriment dels visats per als croats que viatjaven a Grècia i restablí relacions amb Israel.
En morir Tudjman (2000) i després que l’HDZ perdés el govern i la presidència a mans dels socialdemòcrates i patís una escissió, Sanader emergí com a líder del partit. Malgrat que, com a líder de l’oposició participés en manifestacions contra l’extradició de militars acusats de crims contra la humanitat pel Tribunal Penal Internacional per a l’Antiga Iugoslàvia, en ser elegit primer ministre de Croàcia (2003) negocià un acord de govern amb el partit de la minoria sèrbia i col·laborà amb el TPI per a l’antiga Iugoslàvia.
El 2001 aconseguí un acord d’associació amb la Unió Europea i la candidatura a l’ingrés el 2005, malgrat que el seu govern fou sovint criticat per ser permissiu amb la corrupció i no respectar prou els drets humans. Dos mesos després de l’ingrés de Croàcia a l’OTAN (abril del 2009), anuncià la dimissió per motius personals. El substituí en el càrrec la vice-primera ministra Jadranka Kosor.
Al gener del 2010, pocs dies després d’haver anunciat el retorn a la política activa, fou expulsat de l’HDZ. Al desembre li fou retirada la immunitat parlamentària. Fugit a Àustria, al juliol del 2011 les autoritats d’aquest país l’extradiren a Croàcia, on fou jutjat per corrupció i condemnat a l’agost per suborn amb relació a un préstec concedit per una important entitat bancària austríaca.