Feu estudis de filosofia i lletres i ciències polítiques i sociologia a la Universitat Autònoma de Barcelona. Entrà en política com a militant d’Independentistes dels Països Catalans (1983-85) i posteriorment ingressà a la Crida a la Solidaritat en Defensa de la Llengua, la Cultura i la Nació Catalanes (1985-87) i a Esquerra Republicana de Catalunya (1987), partit de les Joventuts del qual fou secretari general des d’aquest any fins el 1994 i president de la federació regional d’ERC de Girona (1993-1996). El 1996 fou nomenat vice-secretari general.
Amb la seva elecció, el 2004, com a secretari general del partit, es consolidà el tàndem amb Josep Lluís Carod-Rovira, que esdevingué nou president. Paral·lelament, fou regidor per ERC a l’Ajuntament de Ripoll del 1987 al 1991. L’any següent fou elegit diputat al Parlament de Catalunya, càrrec que exercí durant dues legislatures (1992-2000). L’any 2000 fou el cap de llista d’ERC a les eleccions generals. Després de les eleccions a les corts espanyoles del març del 2004, que donaren la victòria al PSOE, esdevingué el portaveu d’ERC al Congrés i negocià el suport dels republicans a la investidura de José Luis Rodríguez Zapatero.
Encapçalà, amb Josep Lluís Carod-Rovira el rebuig d’Esquerra Republicana al nou Estatut de Catalunya en el referèndum del juny del 2006 que donà lloc a la crisi de govern i a les eleccions anticipades del novembre. Després de renovar l’acta de diputat, amb la reedició del govern de coalició PSC-ERC-ICV sorgit d’aquesta consulta passà a ocupar la Conselleria de Governació.
Arran dels resultats d’ERC en les eleccions generals del març del 2008, cessà en el càrrec per a dedicar-se a tasques internes del partit i fou substituït per Jordi Ausàs i Coll al capdavant de la Conselleria de Governació. En el congrés celebrat al juny d’aquest any fou elegit president d’ERC en substitució de Josep Lluís Carod-Rovira, el qual a l’abril del 2009 renuncià explícitament a favor de Puigcercós a la candidatura a la presidència de la Generalitat. En les eleccions del novembre del 2010 fou confirmat com a diputat i passà a l’oposició. El mes següent renuncià a presentar la candidatura a la reelecció a la presidència d’ERC i al maig del 2011, després dels mals resultats del partit en les eleccions municipals dimití el càrrec al capdavant de l’executiva.