Inaugurat oficialment el 2001, es constituí a partir de l’Institut de Ciències del Mar, que havia estat emplaçat a l’antic aquari de la Barceloneta, ja desaparegut, i la Unitat de Tecnologia Marina, de nova formació. Actualment es troba situat en un edifici de nova construcció al costat del Port Olímpic de Barcelona. El centre també proveeix la comunitat científica d’un ampli ventall d’instal·lacions de recerca (biblioteca especialitzada, zona d’aquaris experimentals, estació receptora d’imatges de satèl·lit), així com de suport logístic i tecnològic a la recerca oceanogràfica i a la base antàrtica espanyola.