La caiguda de Suharto (1998) fou una oportunitat de desactivar l’enfrontament crònic entre la milícia melanèsia i el govern indonesi. Després de diverses temptatives, el 2001 Jakarta concedí un règim d’autogovern a Papua (nom que aquest mateix any substituí el d’Irian Jaya) i una elevada participació en els beneficis de l’explotació dels recursos minerals i de petroli. Tanmateix, la inestabilitat no es resolgué del tot, a causa del rebuig de la població local als emigrants javanesos que el govern havia instat a desplaçar-se, i també perquè la guerrilla no renuncià a la independència. La proposta de creació d’una província central, separada, a Papua central, fou rebutjada pel govern indonesi, que la declarà inconstitucional i contrària a l’acord d’autonomia de Papua. Al gener del 2006, 43 refugiats arribaren a les costes australianes i acusaren el govern indonesi de dur a terme un genoci, i Indonèsia retirà el seu ambaixador a Austràlia quan el govern australià concedí el visat a 42 dels 43 refugiats. A l’abril del 2009 una persona morí i quatre més resultaren ferides en l’enfrontament de la policia amb manifestants que demanaven un referèndum d’autodeterminació. Al començament del mateix any un terratrèmol afectà la ciutat de Manokwari, que causà la mort de 9 persones i en resultaren ferides 19 més.