És situada en un extrem del poble, al vessant oriental del puig. Va ser església parroquial fins a finals del segle XVII, quan va quedar com a capella del cementiri fins la construcció d’una de nova als anys cinquanta del segle XX. Sant Joan in Bedenga apareix en una butlla del papa Silvestre II, del 1002, que confirma la seva possessió a la seu de Girona.
L’església presenta dues etapes constructives, la més antiga de les quals correspondria a una església preromànica de planta basilical amb tres naus i transsepte. Al segle XI va ser reformada amb la construcció d’una nova capçalera, en substitució de l’antiga, que era formada per dues absidioles laterals, de planta semicircular una mica ultrapassada, i un absis central carrat; va precedit d’un ample presbiteri cobert amb volta de canó. A l’exterior, l’absis s’adorna amb arcuacions, bandes llombardes i finestres cegues. Pel que fa a les voltes de les naus preromàniques, són de ferradura la central i de quart de cercle les laterals, mentre que la volta del transsepte és de canó. La comunicació entre les naus es fa per arcs de ferradura, forma que tenen també les dues portes laterals. Al centre de la paret occidental hi ha una porta romànica, dels segles XII i XIII.
A l’absis romànic es descobriren pintures murals que foren traslladades al Museu d’Art de Girona, menys un plafó que adquirí la col·lecció Batlló de Barcelona. Aquestes pintures, romàniques, representen la Pentecosta i, a la part superior, la Trinitat. Han estat atribuïdes al Mestre d’Osormort i daten, probablement, del segle XII.
Durant les obres de restauració del 1960 s’hi va trobar una ara d’altar de pedra arenosa amb cinc petites creus incises, segurament romànica. Excavacions posteriors han descobert la planta rectangular del primitiu absis central preromànic (de l’absidiola nord, de ferradura, ja se’n veien restes abans) i han evidenciat que aquestes construccions es drecen sobre fonaments d’edificis romans més antics.
L’any 2024 fou declarada bé cultural d’interès nacional.