Fill d’un funcionari de l’administració colonial britànica, es graduà al Sudan Military College (1952). Després de la independència del Sudan (1956) fou el cap d’un grup de joves militars partidaris del panarabisme de Nasser, el Moviment d’Oficials Lliures. El 1969 liderà un cop d’estat que enderrocà el govern civil d’Ismail al-Azhari i instaurà una junta militar (Consell Revolucionari de Comandament) que presidí. Emprengué una política de nacionalitzacions i intentà, mitjançant algunes mesures de conciliació, de posar fi a la rebel·lió cristiana i animista del sud enfrontada a l’estat controlat pels musulmans del nord del país. Tot i que rebé el suport de l’URSS, el 1971 hagué de fer front a un cop d’estat procomunista, després del qual s’aproximà a l’Aràbia Saudita i a Egipte i s’allunyà de l’òrbita soviètica. El 1972 signà un acord de pau amb la guerrilla del sud i garantí un govern autònom a aquesta regió. El 1976 fou l’únic líder àrab a donar suport a Anwar el-Sadat quan signà els acords de pau de Camp David amb Israel. Aquest any avortà un nou cop d’estat promogut des de Líbia, i el centenar d’execucions subsegüents que ordenà li valgueren fortes crítiques internacionals. El seu règim anà esdevenint cada cop més impopular a causa del subdesenvolupament crònic i l’encariment dels béns de consum, condicions a les quals respongué invariablement amb la repressió. Cada cop més assetjat, intentà guanyar-se l’influent clergat islàmic amb la imposició de la xaria i dissolgué el govern autònom del sud l’any 1983, cosa que feu rebrotar la guerrilla. Enderrocat el 1985 per un nou cop d’estat militar, s’exilià a Egipte fins el 1999, que el president Umar al-Bashir permeté el seu retorn.