Fou fundat el 1974 com a societat per Josep M. Mestres Quadreny, Lluís Callejo i Andrés Lewin-Richter, amb l’objectiu de desenvolupar les noves tecnologies electroacústiques, en particular les informàtiques, aplicades a la composició musical i al control de so. Les activitats del centre se centren en la recerca, la pedagogia, la creativitat i la difusió. Comptant únicament amb recursos propis, adquirí una part de l’equipament i en construí la resta, de manera que l’any 1975 inaugurà un laboratori modest però complet, obert a tots els compositors interessats en aquests mitjans. Poc després n’entrà a formar part Gabriel Brnčić, que es dedicà fonamentalment a la didàctica i a la gestió del centre. Pioner en el seu gènere, durant molts anys fou l’únic centre de les seves característiques de tot l’estat.
El 1982 es transformà en Fundació Privada Phonos i començà a rebre suport institucional, i el 1987 s’instal·là als locals de la Fundació Miró. El 1992 s’incorporà a la direcció Xavier Serra, que substituí la tecnologia analògica utilitzada fins aleshores per la tecnologia informàtica. El 1994 signà un conveni de col·laboració amb l’Institut de l’Audiovisual de la Universitat Pompeu Fabra i traslladà el laboratori i totes les instal·lacions als locals d’aquesta universitat. Lewin-Richter n’és el director executiu.