Té els precedents en l’organisme creat per la Xina i Rússia el 1996 per a resoldre conflictes fronterers. Els anys següents incorporà aspectes de seguretat (com també la col·laboració en la lluita antiterrorista, contra el secessionisme i la forta influència de l’islamisme), energètics (construcció d’oleoductes i gasoductes per al transport de gas i petroli cap a la Xina) i comercials, cosa que comportà la inclusió de la resta d’estats membres amb fronteres comunes: el Kazakhstan, el Kirguizistan, el Tadjikistan i l’Uzbekistan. Posteriorment hi ingressaren com a observadors l'Afganistan, l'Índia, l'Iran, Mongòlia i el Pakistan, i com a associats, Turquia, Bielorússia i Sri Lanka. Des del 2003 ha dut a terme exercicis militars conjunts. L’organització ha estat també una resposta a la creixent presència militar dels EUA i els seus aliats a l’Àsia Central arran de la lluita antiterrorista global, sobretot amb relació a l’Afganistan i el Pakistan, tot i que ha negat que constitueixi una aliança militar similar i enfrontada a l’OTAN. El 2005 instà els EUA a retirar les bases militars de l’Uzbekistan i el Kirguizistan, i arran de la intervenció bèl·lica russa a Geòrgia (agost del 2008), la resta d’estats membres evitaren pronunciar-se.