Després de viure una infància marcada per la crisi social i religiosa a Mèxic i pel testimoni de nombrosos màrtirs cristians, l’any 1936 començà la seva formació sacerdotal, en un seminari clandestí a causa de l’hostilitat de la societat mexicana del moment vers l’Església catòlica. A vint-i-un anys, fundà la congregació religiosa de la Legió de Crist i deu anys més tard, el 1951, el moviment apostòlic de seglars Regnum Christi. L’any 1944 fou ordenat sacerdot. Dos anys més tard es traslladà a Espanya. Entre els seus escrits destaca el llibre La formación integral del sacerdote católico (1990). L’any 2006, després de ser acusat d’abusos sexuals, i enmig d’una forta polèmica, el papa Benet XVI ordenà a Maciel que es retirés del seu ministeri públic. L’any 2010, els legionaris de Crist reconegueren que Maciel havia abusat sexualment de diversos seminaristes menors i havia tingut altres comportaments greus, i també diversos fills.