L’any 1969 s’incorporà a l’exèrcit i rebé formació militar a França i a l’URSS. Ingressà posteriorment a la Guàrdia Presidencial, de la qual fou apartat per l’aleshores cap d’estat Moussa Traoré, i el 1991 encapçalà el cop d’estat que l’enderrocà i posà fi a més de dues dècades de dictadura. El 1992 organitzà els processos electorals per retornar la democràcia al país i cedí el poder a Alpha Oumar Konaré. Els anys següents, distanciat de la política, es dedicà a campanyes sanitàries i participà en missions diplomàtiques en alguns dels conflictes del continent africà, com ara les crisis a Ruanda, Burundi i la República Democràtica del Congo (1994-96) i, com a delegat de l’ONU, després del cop d’estat a la República Centreafricana (2001). L’any 2002 es presentà com a independent a les eleccions presidencials, que guanyà amb claredat. Després de ser elegit, l’Assemblea formà el Bloc presidencial, formació majoritària a la cambra que donà al govern una certa estabilitat. Reelegit en el càrrec novament com a independent l’any 2007, rebé el suport de l’Aliança per la Democràcia i el Progrés, coalició que guanyà les legislatives celebrades pocs mesos més tard. El març del 2012, un mes abans de les eleccions (a les quals havia renunciat presentar-se), fou enderrocat en un cop d’estat militar, que els seus autors justificaren adduint el perill del separatisme tuàreg. Després del cop d’estat, dimití amb la mediació de la Comunitat Econòmica dels Estats de l’Àfrica Occidental i de la promesa de la junta militar de restablir el règim civil. En conjunt, durant els deu anys del seu mandat Mali rebé valoracions positives de les institucions internacionals per l’estabilitat i la gestió econòmica.