Té com a objectiu principal garantir la seguretat, fluïdesa, eficàcia i economia del trànsit aeri, tasques que es materialitzen en el manteniment, explotació i administració de la xarxa d’aeroports civils de l’estat i les instal·lacions per a la navegació aèria. Assigna i controla, per tant, les inversions en aquestes infrastructures, condicionant, així, el tipus de rutes i de tràfic en cada aeroport.
El seu finançament és independent de l’estat (llevat de casos puntuals de subvencions a càrrec dels pressupostos generals de l’estat o de la Unió Europea), i és cobert amb els ingressos de taxes aeroportuàries i l’explotació d’altres drets de les instal·lacions que formen el seu patrimoni.
Té participació majoritària en les societats Centros Logísticos Aeroportuarios, S.A. (CLASA), Aena Desarrollo Internacional, S.A. e Ingeniería y Economía del Transporte, S.A. (INECO) i minoritària en Restauración de Aeropuertos Españoles, S.A. (RAESA), i a l’Agència Metropolitana de Desenvolupament Urbanístic i d’Infrastructures, S.A. (Agència Barcelona Regional) participada per l’ajuntament de Barcelona, el Consell Comarcal del Barcelonès i altres entitats catalanes. L’any 1994 creà Fundación Aena, de caràcter cultural.
Des de les institucions i sectors de l’empresariat catalans s’ha considerat Aena el principal executor d’un model aeroportuari acusadament centralitzat, amb una clara preferència pel desenvolupament de l’ aeroport de Barajas (Madrid) en detriment de la resta de l’estat, molt especialment el de Barcelona, el qual segons aquesta perspectiva veu les seves possibilitats de creixement frenades per aquesta política.
El mes de febrer del 2011 el govern espanyol aprovà la privatització parcial d’AENA a través de la creació de la societat mercantil d'AENA Aeropuertos SA, per la qual fins a un 49% del capital podia passar a ser propietat d’altres agents econòmics. Per la seva banda, la navegació (torres i controladors) restava sota el control de l’entitat pública empresarial (AENA EPE). Al juliol del 2014, AENA EPE canvià el nom pel d'Enaire, mentre que AENA Aeropuertos SA passà a anomenar-se AENA SA, la qual inicià la privatització, criticada pel sector privat i també per la Generalitat de Catalunya per la continuació, en la pràctica, del control estatal de l’empresa derivada del 51% de participació que s'atorgava l'Estat. Al febrer del 2015 AENA SA començà a cotitzar en borsa.
Al novembre del 2011 el consell de ministres aprovà la creació de l’òrgan rector de l'aeroport de Barcelona.