El mètode d’estudi de l’hemotafonomia és l’anàlisi de les imatges en clarobscur obtingudes a través de microscòpia electrònica de rastreig. Més enllà del punt de vista de la ciència pura, l’hemotafonomia aplicada busca l’ús de les taques de sang com a prova, i no s’ha de confondre amb l’anàlisi de patrons de taques de sang (coneguda en anglès com bloodstain pattern analysis).
L’estudi microscòpic de les taques de sang s’inicià al segle XIX amb un biaix forense. Hom considera Mateu Josep Bonaventura Orfila com el primer a intentar l’ús d’un microscopi per determinar taques de sang. Al llarg de la literatura criminalística del segles XIX i XX, aquest examen microscòpic era destinat només a confirmar la presència de sang o, com a màxim, era utilitzat per discriminar taxonòmicament entre la sang de mamífer i la d’altres vertebrats. Els únics microscopis disponibles per a l’estudi de les taques de sang foren els microscopis òptics fins que es comercialitzà el microscopi electrònic de rastreig (MER). A diferència del microscopi electrònic de transmissió —que va ser concebut per a l’estudi de seccions de mostres biològiques—, el MER fou concebut per a l’estudi de superfícies, tant biològiques com inorgàniques. És per això que els MER són els instruments idonis per als estudis citomorfològics. L’aparició del primer MER comercial (l'Stereoscan, de la companyia Cambridge Instrument) tingué lloc en la dècada de 1960. El desenvolupament de les tècniques de biologia molecular aplicades a les taques de sang durant la mateixa dècada portà al virtual abandonament de la utilització de la microscòpia en l’avaluació forense de taques de sang, mètode de per si ja poc utilitzat. Aquesta anterior manca d’interès en la morfologia dels eritròcits en taques de sang preparà el terreny per l’aparició de l’hemotafonomia, a la dècada de 1990, com a nova ciència.