L’organització fou creada al final de l’any 1992 per sectors abertzales, però desvinculada de partits polítics. El seu objectiu era impulsar una mediació que posés fi al conflicte violent entre l’Estat espanyol i ETA per mitjans pacífics i a través del diàleg. Tingué representació a les comunitats autònomes del País Basc i Navarra, i també a Madrid, Barcelona i Brussel·les. Celebrà diverses conferències de pau i donà suport al pacte de Lizarra (1998) entre els partits nacionalistes, després del qual ETA mantingué una treva de gairebé un any. En la seva vuitena i darrera assemblea (març del 2006), hom donà per acomplerts els objectius d’Elkarri i els seus mateixos integrants crearen Lokarri, una nova agrupació amb les mateixes directrius però d'objectius més polítics.
Al febrer del 2011 Lokarri presentà el nou partit de l’esquerra abertzale Sortu, amb vista a les eleccions municipals del maig. Al març del 2011 impulsà la Conferència Internacional de Pau de Sant Sebastià (17 d'octubre), en la qual participaren personalitats i mediadors internacionals i de la qual sortí una declaració instant a ETA a renunciar definitivament a la lluita armada —que el grup anuncià tres dies després— i als governs espanyol i francès a acceptar el diàleg sobre les conseqüències del conflicte. A l'octubre del 2014 Lokarri anuncià la dissolució per al març del 2015, per tal com constatava que, amb la irreversibilitat del procés de pau, s'havien acomplert els objectius de l'organització.