Creat per la Seguretat Social s’inaugurà el 1956 amb el nom de Residència Sanitària de l’Assegurança Obligatòria de Malaltia de Girona. El 1959 canvià el nom per Residència Sanitària de la Seguretat Social General Álvarez de Castro. Després dels traspassos sanitaris a la Generalitat, el 1981, entrà a formar part del grup de l’Institut Català de la Salut i anà incorporant més especialitats quirúrgiques. El 1990 canvià de nom novament per adoptar el d’un dels metges catalans amb més projecció internacional, Josep Trueta. Avui la relació de l’hospital amb la docència és un dels seus aspectes més rellevants; des del 1996 està vinculat a la Universitat de Girona.