Ingressà a l’exèrcit el 1944, i ascendí fins arribar a general de brigada el 1972 i posteriorment a cap d’estat major. Renuncià als càrrecs militars per a concórrer a les eleccions presidencials del març del 1974, que perdé davant Eugenio Laugerud García, al qual acusà de frau en connivència amb l’Església catòlica i els comunistes. Convertit a l’Església evangèlica (1977), rebé el suport dels predicadors fonamentalistes nord-americans Jerry Falwell i Pat Robertson. El març del 1982 derrocà en un cop d’estat el general Ángel Anibal Guevara, i durant els 17 mesos que presidí el país es produïren les matances més greus en els trenta-sis anys de guerra civil (1960-96). Segons les estimacions més fiables, les matances foren unes 250 i el nombre de víctimes mortals unes 25.000. Perpetrades amb l’objectiu de combatre la guerrilla comunista, hom acusà el govern dels EUA de donar-hi suport.
Derrocat al seu torn l’agost del 1983 pel seu ministre de Defensa Óscar Mejía, després de la reinstauració d’un règim democràtic (1986), el 1989 fundà un partit d’extrema dreta, el Frente Republicano Guatemalteco, pel fou diputat (1994-2012). El 2003 i el 2006 fou candidat a les eleccions presidencials, malgrat la clàusula constitucional que ho prohibia a qualsevol que hagués participat en un cop d’estat. Poc després perdé la immunitat parlamentària, i el 2013 els tribunals de Guatemala el condemnaren a 80 anys de presó per l’assassinat de 1.771 indígenes maies i la deportació de prop de 30.000 persones durant el seu mandat.
Fou el primer judici i la primera condemna per genocidi d’un excap d’estat per un tribunal del mateix país on s’havien esdevingut els fets. No obstant això, el Tribunal Constitucional anul·là el veredicte i ordenà la repetició del judici, que no fou reprès fins el gener del 2015 i immediatament suspès per la recusació de la defensa d’un dels jutges del tribunal. A l’agost, fou declarat incapacitat per ser jutjat i un tribunal determinà que el judici (que, en morir, no s’havia celebrat) seria a porta tancada i en absència de l’acusat i, en cas de ser declarat culpable, que no compliria condemna.