Mobilitzat a 19 anys, prengué part en l’ofensiva de les Ardenes (1944), experiència que el marcà. Després de la Segona Guerra Mundial exercí com a mestre i terapeuta i alhora es familiaritzà amb les teories de Wilhelm Reich sobre el potencial alliberador del sexe. A partir d’aquesta doctrina articulà la seva trajectòria artística al voltant del rebuig total a normes i convencions, als quals contraposà els impulsos i els instints més elementals sense cap mena de restriccions.
Les seves obres, moltes vegades explícitament escatològiques, cercaren provocar sempre sensacions viscerals, bàsicament repulsió o abjecció (que, segons ell, confrontaven l’espectador amb les pròpies repressions). Censurat diverses vegades per les autoritats per immoralitat, fou el principal exponent, en aquesta mateixa tònica, del moviment denominat accionisme, centrat en el cos com a mitjà d’expressió artística. Desenvolupat els anys seixanta a Viena, tingué una considerable repercussió a tot Europa.
El 1970 creà la Comuna de Friedrichshof, que arribà a tenir uns 600 membres i filials a París, Munic o Berlín. Aquesta organització subsistí fins el 1990, enmig d’incidències diverses, com ara acusacions d’irregularitats financeres, actuacions dictatorials, trets sectaris i abusos sexuals.
L’any 1991 Muehl fou jutjat per pederàstia i delictes relacionats amb el narcotràfic. Després de complir la condemna, el 1997 s’instal·là amb un grup de fidels a Portugal, on continuà la seva obra fins a la mort. Durant els anys de presó continuà essent molt productiu, especialment en el camp de la pintura i com a autor d’escrits teòrics. Publicà l’autobiografia Aus dem Gefängnis (‘De la presó estant’, 1997). Des del 1998, li foren dedicades diverses exposicions monogràfiques al seu país.