El seu sorgiment s’inscriu en el conflicte crònic entre les poblacions islàmiques i les animistes cristianes que ha dominat l’Estat nigerià des del seu origen. Tot i que el nom oficial de l’organització és en àrab i correspondria a 'Adherents a la causa de la propagació de les ensenyances del Profeta i del Gihad', la designació més corrent és en llengua haussa: Boko Haram, traduïble per 'contra Occident' o 'Occident prohibit'.
Fou fundada pel clergue Mohammed Yusuf l’any 2002, per crear un estat islàmic al nord de Nigèria. Amb aquest objectiu, obrí una escola islàmica que atragué centenars de joves. L’any 2009, arran d’un atac de l’organització a la policia de Maiduguri, ciutat del nord-est de Nigèria on el grup té els quarters, moriren centenars de persones. Poc després Yusuf fou assassinat i el rellevà al front de l’organització Abubakar Muhammad Shekau. Els anys següents s’han succeït els atemptats de Boko Haram contra escoles estatals i cristianes, estacions de policia i institucions de l’Estat, i fins i tot atemptats suïcides indiscriminats, alguns amb més d’un centenar de morts. Les ciutats de Jos, Abuja i Maiduguri són les més castigades. Boko Haram afirma tenir lligams amb al-Qā‘ida i rebre suport de la població musulmana del nord de Nigèria. L'abril del 2014, el segrest de 200 nenes en una escola de la població de Chiboko, al NE del país provocà una campanya de protesta internacional. Les nenes foren obligades a convertir-se a l'islam i retingudes com a hostatges per a intercanviar amb presoners de l'organització.