Hom hi distingeix una primera etapa dominada per les acadèmies de l’anomenada època gaonítica (segles VI-XIII), regides pels mestres i els caps (gaons) de les acadèmies de Jerusalem (des del 1127, al Caire) i les babilòniques de Sura i de Pumbedita. Amb la dispersió subsegüent del poble jueu, s’inicià una segona etapa, en què les yeixivàs s’associaren estretament a la sinagoga i, amb aquesta, es constituïren en el centre de la comunitat jueva de cada localitat. Tot i que a Europa, entre els sefardites, hi hagué importants escoles a la península Ibèrica (Barcelona, Toledo, Lucena), després de les expulsions les yeixivàs floriren sobretot entre els asquenazites de l’Europa oriental a Rússia, Polònia i Lituània, amb una important diferenciació de les escoles hassídiques, molt centrades en el misticisme i la càbala. Entre el final del segle XVIII i el començament del XIX, tingué lloc una important renovació dels mètodes d’ensenyament de les escriptures.
Després de l’Holocaust, les yeixivàs es concentraren sobretot a Israel i als Estats Units, on el 1945 fou establerta la Yeshiva University, que tingué el primer precedent en la yeixivà de Nova York, fundada l’any 1886. En aquesta universitat, un dels centres de la comunitat jueva nord-americana, hom hi imparteix l’ensenyament de disciplines científiques i tecnològiques, a banda dels estudis rabínics tradicionals.