Graduat a l’Acadèmia Militar l’any 1977, serví la infanteria, on ascendí al comandament d’una divisió mecanitzada. Posteriorment, passà al ministeri de defensa, on tingué càrrecs en seguretat i intel·ligència; fou agregat militar a l’Aràbia Saudita, cap de la Divisió Militar del Nord i director d’intel·ligència militar (2008). Després de la caiguda del president Ḥusnī Mubārak com a resultat de la Primavera Àrab (febrer del 2011), fou nomenat membre del Consell Suprem de les Forces Armades, l’òrgan de govern interí format pels militars.
Després de les eleccions parlamentàries (novembre del 2011 - gener del 2012) i presidencials (juny de 2012) que donaren la victòria als Germans Musulmans i al seu líder Muḥammad Mursī, aquest nomenà Al-Sīsī cap suprem de les forces armades a l’agost, alhora que impedia als militars participar en l’elaboració de la nova Constitució. Les tensions a què donà lloc el projecte islamitzador del president Mursī, que dividiren profundament el país, culminaren en el cop d’estat que el deposà el juliol del 2013.
La responsabilitat de la dura resposta de l’exèrcit a les protestes dels partidaris del president enderrocat, amb centenars de morts, fou atribuïda a Al-Sīsī. El març del 2014 dimití els càrrecs militars per concórrer a les eleccions presidencials, que guanyà al maig amb més del 90% dels vots, segons estimacions oficials. Un cop en el càrrec, s’hagué d’enfrontar als creixents atemptats de l’anomenat Estat Islàmic, i simultàniament refeu les relacions amb Occident. Reprimí indiscriminadament l’oposició i en conjunt s’inhibí davant l’onada d’atacs contra els coptes. Novament amb més del 90% dels vots (segons estimacions oficials), el març del 2018 fou revalidat en unes eleccions en les quals només foren candidats ell i un altre candidat, antic aliat seu.