El 1977 es graduà a l’Academia Militar das Agulhas Negras. Dins l’exèrcit, arribà al grau de capità. El 1986 encapçalà una protesta contra els baixos sous dels oficials. Tot i ser castigat, aquesta acció li valgué una notable popularitat. Dos anys després passà a la reserva, i fou elegit regidor de Rio de Janeiro pel Partit Democratacristià. Diputat federal el 1990, hi fou reelegit en les sis convocatòries següents (1995, 1999, 2003, 2007 i 2011). Canvià diverses vegades l’afiliació política: el 1993 passà al Partit Progressista i, posteriorment, al successor d’aquest, el Partit Progressista Brasiler (1995), i més tard milità al Partit Laborista Brasiler (2003-05), el Partit del Front Liberal (2005), per retornar al Partit Progressista (2005-16), que deixà pel Partit Social Cristià (2016) fins el 2018, que fundà el Partit Social Liberal.
Candidat a les eleccions presidencials de l’octubre del 2018, durant la campanya electoral fou ferit greument en un atemptat. Tanmateix, es recuperà i amb un programa de lluita contra la corrupció, ultraconservador en els camps socials i econòmic i de gran duresa en l’ordre públic, i un discurs estrident i hostil a la política i els polítics convencionals, que hom ha relacionat amb el de Donald Trump, guanyà la primera volta amb el 46% dels vots (octubre del 2018) i també la segona volta, en la qual amb el 55% dels vots derrotà el candidat del Partit dels Treballadors Fernando Haddad. Educat en el catolicisme, el 2017 es convertí a l’Església evangèlica, que al Brasil és notòria per la seva influència i pel conservadorisme. Els seus comentaris obertament homòfobs, racistes, de lloança per la dictadura (1965-85) i contraris a la igualtat de la dona aixecaren nombroses controvèrsies. Prengué possessió del càrrec l’1 de gener de 2019, succeint Michel Temer. La seva presidència estigué caracteritzada per un lideratge populista, envoltat de controvèrsies en temes com la seguretat pública, l’economia i el medi ambient.
En les eleccions presidencials del 2022, fou derrotat en segona volta (30 d’octubre) per l’expresident Luiz Inácio Lula da Silva al capdavant del Partit dels Treballadors (50,9% dels vots), una victòria que no reconegué, encara que Lula assumí el càrrec de president l’u de gener de 2023. El juny del mateix any, Bolsonaro fou condemnat a 8 anys d’inhabilitació pel Tribunal Superior Electoral per un cas d’abús de poder per haver proferit un discurs televisat contra el sistema electoral brasiler el juliol del 2022.