El 1991, arran d’una nova normativa sobre els clubs filials, s’hagué d’integrar plenament al club i canvià el nom pel nom actual. El 2008, amb Joan Laporta com a president, recuperà el nom de Barcelona Atlètic, i dos anys més tard, amb l’entrada de Sandro Rosell a la presidència, tornà a la denominació de Barcelona B.