Dotat d’un talent excepcional, rebé les primeres classes de música del seu pare. Estudià amb G. Valentini a Viena, composició amb G. Carissimi a Roma i, probablement, també estudià amb G. Frescobaldi. La seva primera obra coneguda, una ricercata, fou publicada en Musurgia universalis (1650), amb grans elogis per part de l’autor del llibre, el teòric A. Kircher. El 1656 fou mestre de capella de la cort de l’elector bavarès a Munic, on estrenà la primera òpera, L’Oronte (1657), composta per a inaugurar el teatre d’aquesta ciutat. El 1658, Kerll fou convidat a tocar l’orgue i a compondre una missa amb motiu de la coronació de l’emperador Leopold I. L’enorme èxit obtingut en aquesta cerimònia li valgué un títol de noblesa, que li fou atorgat el 1664. Entre el 1658 i el 1672 compongué i estrenà deu òperes a Munic. Les obres religioses daten de la seva última etapa compositiva. Escriví també obres per a orgue, entre les quals destaca la Modulatio organica super Magnificat (1686) per la seva mestria en l’escriptura fugada. Entre els seus alumnes hi hagué músics de la importància de J. Pachelbel, J.J. Fux i G. Reutter.