Era parent de Michel Haydn, de qui fou deixeble a Salzburg fins el 1797, any en què aquest l’envià a Viena a estudiar amb el seu germà Joseph. Allà treballà com a compositor, pianista i professor de música (fou mestre, entre d’altres, del segon fill de Mozart, Franz Xaver). Del 1804 al 1808 visqué a Sant Petersburg encarregat de la capella del teatre alemany, i el 1809 arribà a París, la ciutat on passà més temps i on morí. No obstant això, realitzà encara nombrosos viatges. Com a pianista de Ch.M. de Talleyrand-Périgaud, l’acompanyà al Congrés de Viena (1814-15). Del 1816 al 1821 fou mestre de capella a la cort reial del Brasil, país on divulgà la música de Haydn i Mozart. La revolució del 1821 l’obligà a tornar a Europa i sí novament a la capital francesa. Més endavant dugué a terme nombroses gires de concerts per Anglaterra, Algèria i diversos països europeus. El seu catàleg personal inclou prop de 1 300 obres pertanyents a gèneres molt diversos: òperes, misses, oratoris, cantates, obertures, quartets, quintets, sonates per a piano i peces per a orgue.