El 1709 es traslladà a Nàpols per estudiar amb Alessandro Scarlatti. Després fou alumne de L. Vannucci a Bolonya i de B. Pasquini a Roma, ciutat on compongué dos dels seus oratoris. Nomenat organista de l’església dels jesuïtes a Roma (1715), el 1716 publicà la seva col·lecció de Sonate d’intavolatura amb peces per a orgue i per a clavicèmbal que es feren molt famoses pel seu estil melodiós i agradable. Zipoli ingressà en la Companyia de Jesús i, ja novici, fou enviat a treballar a les missions de l’Amèrica del Sud. Arribà a Córdoba (Argentina) el 1717 i cursà estudis de filosofia i teologia, però morí abans d’ésser ordenat. Compongué tres oratoris, diverses misses i motets, alguns dels quals foren molt apreciats i difosos al Nou Món.