Després d’estudiar a Bohèmia, completà la seva formació a Viena, on adquirí fama com a acompanyant del famós virtuós del contrabaix D. Dragonetti. La seva carrera com a pedagog s’inicià en una institució per a l’educació de cecs, que deixà en ser nomenat organista de la cort l’any 1825. Aviat aconseguí la reputació de millor professor de teoria de Viena, i entre els qui en volien rebre lliçons hi hagué F. Schubert. El 1851 esdevingué professor de contrapunt i baix xifrat al Conservatori de Viena, on tingué nombrosos alumnes, entre els quals H. Vieuxtemps, G. Nottebohm o S. Thalberg, encara que el seu deixeble més destacat fou A. Bruckner, que realitzà innombrables exercicis de contrapunt per a Sechter i fou el seu successor quan aquest es jubilà. Escriví una gran quantitat de música en tots els gèneres, però res no n’ha quedat en el repertori. Les seves obres teòriques tingueren una important influència fins temps recents.