No se sap res del seu aprenentatge musical, però rebé la influència del pianista T. Jackson. A partir del 1902 treballà de pianista als bordells de Nova Orleans, i poc després inicià una etapa itinerant pels Estats Units, treballant de pianista de bar o integrat a grups de minstrel. El 1917 s’instal·là a Los Angeles. Cal pensar que durant aquests anys d’itinerància fusionà diversos estils, entre els quals el ragtime, el blues, els espirituals, les work songs, peces del repertori de minstrel i música d’origen hispànic, per a arribar a una amalgama molt propera a la música que llavors es començava a anomenar jazz. El 1922 anà a Chicago i l’any següent feu el primer enregistrament. El 1928 es traslladà a Nova York, on continuà enregistrant, però al cap de poc, lluny dels nous corrents orquestrals de Don Redman, Fletcher Henderson i altres, el seu estil esdevingué antiquat. De tota manera, alguns dels seus temes -sobretot King Porter Stomp -, rearranjats per altres, foren importants vehicles del desenvolupament de l’era del swing, cap al 1935. El 1938, el folklorista Alan Lomax enregistrà Morton en una llarga sèrie d’entrevistes i interpretacions al piano per a la Biblioteca del Congrés, on es recreen els estils i es parla dels seus contemporanis dels primers anys del segle XX.