Fill de Richard Wagner, començà a interessar-se per la pintura i l’arquitectura, però finalment es dedicà a la música, matèria en la qual es formà amb J. Kniese a Bayreuth, E. Humperdinck a Frankfurt i F. Mottl a Karlsruhe, tot i que personalment es considerà deixeble de Hans Richter, que l’animà a menar la carrera de director d’orquestra. En aquesta faceta actuà a Barcelona, en un concert al Liceu (1907). El 1894 entrà com a assistent de Richter a Bayreuth, escenari on debutà el 1901. Alguns anys més tard (1908) hi substituí el seu mestre, i romangué en la direcció del Festival de Bayreuth pràcticament fins a la seva mort. Siegfried Wagner s’oposà a la progressiva politització que patia el Festival per part de cercles propers al nacionalsocialisme, emergent a l’Alemanya de l’època. Com compositor seguí les passes del seu pare en les òperes, però escriví també música instrumental.