Gràcies a una beca imperial aconseguida per l’extraordinari talent musical que palesà en la seva infantesa, Schenker es traslladà a Viena, on, a més de matèries musicals, seguí també estudis de dret. Fou alumne d’A. Bruckner a la universitat, i aviat destacà en el món musical vienès per les seves activitats com a pianista, compositor i crític. J. Brahms expressà una gran admiració pel seu treball, però els interessos de Schenker s’encaminaren de manera cada vegada més definida cap a l’estudi analític de les grans obres mestres. La seva monografia sobre la Novena simfonia de L. van Beethoven (1912) i les Erläuterungausgaben ('Edicions amb comentaris', obra pionera per l’ús que fa dels manuscrits originals) de quatre de les darreres Sonates per a piano del mateix compositor (1913-21) començaren a difondre les seves innovadores idees. Del seu estudi de l’ornamentació en C.P.E. Bach i del sistema de les espècies del contrapunt de Fux, arribà a la concepció de l’estructura d’una obra musical com a l’elaboració d’una línia bàsica en nivells successius. El pas següent fou la creació d’un mètode gràfic per a representar cadascun d’aquests nivells, l'anàlisischenkeriana. Si bé només transmeté els seus coneixements als seus alumnes privats (entre els quals hi havia Wilhelm Furtwängler, Anthony van Hoboken, Oswald Jones, Hans Weisse i Felix Salzer), durant la segona meitat del segle XX els seus mètodes foren adoptats i ampliats per molts analistes musicals, molt especialment als Estats Units d’Amèrica. Ja en vida fou un pensador polèmic (poden recordar-se per exemple els enfrontaments que tingué amb A. Schönberg, originats, entre altres motius, pel menyspreu de Schenker per la música moderna), i despertà controvèrsies que encara avui dia contraposen els seus entusiastes i els qui es mantenen escèptics respecte a la seva obra. Però fins i tot aquests no poden evitar reconèixer l’extraordinària importància de les seves aportacions, realitzades principalment amb publicacions com Neue Musikalische Theorien und Phantasien ('Noves teories i fantasies musicals', 1906-35, que inclou Harmonielehre -'Tractat d’harmonia'-, Kontrapunkt -'Contrapunt'- i Der Freie Satz -La frase lliure-), Der Tonwille (1921-24) i Das Meisterwerk in der Musik ('L’obra mestra en la música', 1925-30).