Estudià dret i ciències de la comunicació, però finalment orientà la seva carrera cap a la música. Una de les seves primeres feines fou la d’assistent del director del Festival de Flandes. Del 1973 al 1980 treballà com a director artístic a les òperes de Düsseldorf, Frankfurt i Hamburg i, abans d’assumir el càrrec de director del Théâtre de la Monnaie de Brussel·les (1981-92), fou conseller tècnic de programació de l’Òpera de París. A partir del 1992 ostentà la direcció artística del Festival de Salzburg (1992-2001). Sota la seva direcció, el Festival experimentà una transformació radical i amplià el seu ventall d’oferta amb la introducció en el programa de música contemporània i projectes escènics innovadors. Per a Mortier, l’òpera no pot ser un mer entreteniment, sinó que cal convertir-la en una experiència de plena vigència. En aquest sentit cal destacar el muntatge que feu d'El rapte del serrall, de W.A. Mozart ambientat a l’Orient Mitjà del segle XX o el de La damnation de Faust (1999), d’H. Berlioz, produït per La Fura dels Baus. Després de 10 anys, la polèmica edició del 2001 fou la darrera en què Gérard Mortier es posà al capdavant del Festival de Salzburg. L’era Mortier acabà sense que s’aconseguís la reconciliació d’un públic tradicionalment conservador amb les innovadores propostes escèniques del director belga. Posteriorment Mortier afrontà la preparació d’una triennal (2002-05) realitzada en fàbriques abandonades i velles centrals elèctriques de l’àrea del Rhur, a Alemanya, inaugurada amb un Don Giovanni amb escenografia d’Eduardo Arroyo i protagonitzat per María Bayo.