Es formà musicalment amb Juan Martín al Colegio de Infantes de Coro de la catedral de Salamanca. El 1789, després d’unes difícils oposicions, prengué possessió del càrrec de mestre de capella de la catedral, i quatre anys més tard fou nomenat catedràtic a la universitat de la mateixa ciutat. La seva activitat musical i universitària li donà un gran prestigi arreu d’Espanya, i el 1817 compongué i dirigí a Madrid un tedèum per a celebrar la maternitat de la reina. El 1829, G. Rossini li envià una missiva valorant molt positivament un dels seus misereres. El 1830 s’interpretà, a la capella reial, una missa a vuit veus i orquestra de Doyagüe, missa que li valgué el títol de professor honorari del recentment fundat Conservatori de Madrid. Les seves obres, el repertori de les quals és de gènere religiós, amb misses, salms, motets, villancets, cantades, etc., s’han conservat en nombrosos arxius espanyols. Emprà un conjunt instrumental bastant ampli que incloïa violins, oboès i trompes, i de vegades utilitzà els clarinets i el fortepiano.