Format molt possiblement pel seu pare, Juan Gómez de Navas, obtingué el càrrec d’arpista de la capella reial i de la cambra reial de Madrid el 17 de maig de 1669. El seu nom apareix en diversos textos aprovatoris d’obres musicals: el Compendio numeroso... para arpa, de Diego Fernández de Huete (1700; editat el 1702); les Reglas generales de acompañar..., de José de Torres (1702), i les Curiosidades de canto llano..., de Jorge Guzmán (1709). Després d’aquest any, desapareixen les notícies documentades d’aquest compositor. S’han conservat una cinquantena llarga d’obres escèniques, litúrgiques i de romanç amb el nom de Juan de Navas repartides en diversos arxius de la Península. És difícil de diferenciar l’autoria del pare de la del fill.