Després dels seus estudis amb Albrechtsberger ocupà diversos càrrecs en diferents esglésies i a la cort de Viena. El 1829 fou nomenat hofkapellmeister, lloc que ocupà fins el 1833, any en què una malaltia el deixà incapacitat per a dirigir. El prestigi adquirit fins aleshores com a director musical i com a compositor de nombroses obres religioses, instrumentals i teatrals quedà reflectit en una sèrie di honors que se li reteren els darrers anys de la seva vida. Tingué freqüents contactes professionals i personals amb J. Haydn i W.A. Mozart i, segons ell, fou al costat d’aquest durant la seva agonia. La vídua de W.A. Mozart li encarregà abans que a F.X. Süssmayer la finalització del Rèquiem del seu marit. No estan prou clars els motius pels quals renuncià finalment a fer-ho, però les seves aportacions a la instrumentació d’aquesta obra es conserven i alguns musicòlegs les consideren superiors a les de Süssmayer, malgrat que les d’aquest són les que figuren a l’obra tal com la coneixem avui en dia.