Estudià teologia i hebraística. Doctorat el 1685 a Leipzig, el 1687 abraçà el pietisme, que marcà tota la seva trajectòria posterior. El 1692 esdevingué professor a la Universitat de Halle i predicador a la localitat de Glaucha, on el 1695 fundà un orfenat, a través del qual difongué el seu ideari pedagògic, que el rei Frederic Guillem acabà aplicant a tot Prússia. El sistema educatiu ideat per Francke donava una gran importància a la música, sempre vinculada, però, a la litúrgia. L’alt nivell dels intèrprets es basava en un grau d’exigència també alt (solfeig a primera vista, coneixements de contrapunt, estudis complementaris per als alumnes més dotats, etc.).