El 1519 entrà al servei de Margarida d’Angulema, reina de Navarra des del 1527, que el protegí de les dificultats amb la justícia francesa que li ocasionà la seva condició de calvinista. Acollit a les mesures de tolerància, romangué a França del 1536 al 1542. Una nova onada de persecucions l’obligà a fugir, i morí a l’exili. L’obra poètica de Marot és estretament relacionada amb la seva confessió religiosa. La seva traducció del Llibre dels Salms fou encoratjada pels reis de Navarra, correligionaris seus, i pel mateix Calví, que declarà les versions de Marot com a canòniques en la litúrgia calvinista. Posteriorment, nombrosos saltiris empraren també aquests textos. Inicialment cantats en forma monofònica, compositors com Clément Janequin, Loys Bourgeois i Pierre Certon els adaptaren a la polifonia. L’obra poètica profana de Marot, exemplificada sobretot per les Chansons i els Epigrammes, també ha estat musicada abundantment, tant per compositors coetanis -Claudin de Sermisy, Adriaan Willaert- com posteriors -Maurice Ravel, George Enescu, Jean Francaix-.