Fou un flautista i professor molt conegut a París, especialment als cercles aristocràtics, on tingué nombrosos alumnes. Com a maçó, fou elegit superintendent de música de la lògia. Entre el 1726 i el 1740 publicà la major part de les seves obres per a flauta. En els seus concerts per a flauta, opus 11, s’aprecia l’habilitat de Naudot en la construcció i exposició d’aquesta forma italiana. Les seves primeres sonates per a flauta i continu, generalment en quatre moviments, mostren una tècnica molt avançada d’aquest instrument. En el seu opus 9, sis sonates per a flauta i baix continu, desenvolupa un tercer moviment en forma d’ària que fou adoptat pels seus contemporanis J.B. de Boismortier i M. Blavet. En alguns dels seus moviments lents s’observa una certa aproximació a l’estil galant.