El 1641 era a Varsòvia, al servei de la cort en qualitat d’organista. Més tard exercí el càrrec de director musical suplent, també a la cort, sota la supervisió del llavors director musical Marco Scacchi. Quan Scacchi abandonà el càrrec el 1649, Pekiel l’ocupà de manera provisional, fins que el 1653 n’obtingué el nomenament definitiu. El 1658, a Cracòvia, treballà com a director musical de la capella de la catedral, plaça abans ocupada per F. Lilius. Les darreres referències documentals seves com a director musical a la ciutat daten del 1664, tot i que, possiblement, hi exercí el càrrec fins el 1671. Aquest darrer any fou substituït per Daniel Fierszewicz. Pekiel fou el compositor més important del període bar roc mitjà a Polònia. Durant la seva etapa de compositor a Varsòvia, escriví obres en estil concertant, com el diàleg Audite mortales (1649), de caràcter dramàtic, i misses policorals amb acompanyament de nombrosos instruments, a més de peces estrictament instrumentals, com Xenia Apollinea (1643). Durant el temps que passà a Cracòvia, compongué només obres sacres, per a la capella de la catedral. En destaquen les misses d’entre quatre i vuit veus i els motets a cappella. La seva música fou força ben coneguda a Polònia i a Alemanya.