Del 1607 al 1609 estudià amb J.P. Sweelinck a Amsterdam i després tornà a Danzig com a organista assistent. En 1611-16 fou organista de la principal església de Königsberg. Després d’una temporada com a organista a la cort de Varsòvia, tornà a Danzig, on ocupà la plaça de primer organista fins a la seva mort. Siefert compongué música religiosa i música per a teclat. En aquesta darrera és perceptible la influència de Sweelinck. És famosa la seva polèmica amb el compositor italià Marco Scacchi, el qual en el seu llibre Cribrum musicum ad triticum Syferticum (1643) i li criticà durament l’obra Psalmen Davids, nach francösischer Melodey (1640). Siefert pertany al grup de compositors del nord d’Alemanya, on s’inclouen Scheidt i Scheidemann, que desenvoluparen un estil musical propi.