Fill d’un kantor que li forní els primers coneixements musicals, a Viena fou alumne de G.Ch. Wagenseil, gràcies al qual després ensenyà clavicèmbal a Maria Antonieta (reina de França) i Maria Carolina (reina de Nàpols). Obtingué fama d’excel·lent clavicembalista, i també de pianista quan aparegué el fortepiano. Malgrat que es tornà cec i hagué de retirar-se (1755), continuà component peces per a piano i lieder. La seva música per a teclat inclou divertiments, sonates, cadències, variacions i preludis, a part dels Sis concerts, opus 3 (1773). Bona part de la seva producció orquestral (nombrosos concerts i simfonies) ha quedat en manuscrit. També cal recordar, entre la música religiosa, l'Stabat Mater (1782). Una de les seves cançons, Das Veilchen ('La violeta', amb text de Goethe), fou reelaborada per Mozart (KV 476), que conegué el volum de Lieder que Štepán publicà el 1778. En el terreny del lied obrí pas a la cançó sentimental de marcat to romàntic. El seu estil evolucionà des de la influència italiana a la manera vienesa, amb una certa simplicitat d’estructures, cap a formes més originals que inclouen elements programàtics i de fantasia.