En 1715-16 serví com a organista a l’abadia de Melk, plaça que abandonà per traslladar-se a Viena. El 1728 era mestre de capella a la cort dels Esterházy, a Eisenstadt, com a successor en el càrrec de Wenzel Zivilhofer. Werner, amb el qual la capella assolí gran prestigi, exercí aquesta tasca fins que el 1766 fou substituït per J. Haydn, que el 1761 havia entrat al servei de la família Esterházy en qualitat de sotsmestre de capella. Les relacions entre tots dos compositors foren sempre tenses. Werner compongué una gran quantitat de música religiosa, en què destaquen els oratoris, misses i antífones. També escriví cantates profanes i música instrumental que incloïa simfonies i sonates en trio. El seu llenguatge musical mostra diverses tendències estilístiques. Les seves misses a cappella són escrites en estil contrapuntístic estricte, però la resta de la producció religiosa amb acompanyament instrumental té elements de l’estil musical napolità. La seva línia melòdica conté reminiscències de Jan Dismas Zelenka, i les cantates profanes acostumen a incloure temes musicals populars. La música instrumental de Werner segueix l’esquema en tres i quatre moviments característic de l’època.