Als peus d’Estopanyà, vora la font de la Canal i la capçalera del Reguer, hom pot trobar el primitiu emplaçament d’aquesta església i veure’n els carreus reaprofitats en les parets dels horts. Hi ha qui creu que fou un antic monestir, altres opinen que es tractava d’una església dels templers. La seva fundació potser va estar relacionada amb el cavaller Galceran Erimany, ja que el testament consigna heretats al riu Reguard i al “mont de Sega” (1094). En l’inventari de Sant Pere d’Àger de mitjan segle XII figura una terra a Sant Cristòfol d’Estopanyà que afrontava amb una terra de Santa Maria. Es tracta de la primera referència d’aquesta església.