La vila de Rasquera és situada damunt un dels contraforts septentrionals de la serra de Cardó. Del seu antic castell medieval, del qual no resta cap vestigi, hi ha una primera referència l’any 1153 quan el comte Ramon Berenguer IV de Barcelona donà als templers el castell de Miravet amb tots els seus termes, dins els quals es trobava la fortalesa de Rasquera. A partir, doncs, d’aquell moment, l’indret formà part de la comanda templera de Miravet.
De l’església parroquial de Rasquera no s’han localitzat fins ara referències d’època medieval, però és versemblant suposar que la feren bastir els templers, senyors de l’indret, entre la darreria del segle XII i la primera meitat del segle XIII, coincidint més o menys ambla data de 1206, l’any en què atorgaren a Rasquera una carta de poblament. Tanmateix, se sap per un document d’època moderna que la provisió de rector de la parròquia de Sant Joan Baptista anava a càrrec del comanador templer, i posteriorment, amb l’extinció d’aquest orde militar el 1317, havia de ser proveïda pel comanador hospitaler, el qual s’havia d’encarregar de donar al rector triat tot allò necessari per a la seva sustentació i presentar-lo al bisbe de Tortosa perquè confirmés el nomenament.
Aquesta primitiva parròquia romànica fou substituïda al segle XVIII per un nou temple de tipus classicitzant, amb transsepte i cúpula sobre el creuer.