La vila de Cotlliure s’estén, enforma de semicercle, al voltant del seu port, partit per la gran mola del castell (a la dreta de la desembocadura del Dui) i formada per dos nuclis molt ben diferenciats, la vila —amb el port d’Amunt— i el raval —amb el port d’Avall. La Vila Vella és a la banda esquerra de la ribera.
Cotlliure deu el seu origen a una ciutat antiga que existia des del segle VI a C, com ha estat demostrat, d’una banda, per les excavacions malauradament interrompudes que vam practicar el 1962 i, d’altra banda, com deixava endevinar el nom del Castrum Cacucoliberi esmentat per primera vegada el 673, per Julià de Toledo, testimoni ocular de l’expedició contra el duc Pau.
Si Cotlliure no ha estat l’antiga ¡ llegendària Pyrene, freqüentada, segons Aviè, pels foceus de Massàlia, fou almenys en la seva part marítima la ”conca” o escala d’llliberris (Elna). El nom de Caucholiberi és esmentat encara pel geògraf de Ravenna, autor que extreu les seves fonts d’escriptors del segle V al segle VIII. Des dels temps carolingis, Cotlliure i el seu castell, vista la importància de l’indret, eren posseïts directament pels comtes. El comte Gausfred I d’Empúries i Rosselló obtingué del rei Lotari una carta, data dael 9 de juliol del 981 —en la qual el rei el qualificava com a duc i amic— on li era concedit el territori anomenat Cotlliure (Caucoliberi) i també Banyuls de la Marenda (Balneolis) i les “terres ermes situades sobre el litoral marítim”. Quan Cotlliure passà, amb el comtat de Rosselló (1172), als comtes reis de Catalunya-Aragó, esdevingué doncs vila reial, per bé que en temps del comte Gausfred III, o bé anteriorment, sembla que va ser infeuda da a una família senyorial (potser castlana), dita de “Cotlliure” (Berenguer i Ponç de Cotlliure), esmentada el 1145 i el 1197.
Els reis d’Aragó i de Mallorca es preocuparen sempre de millorar els seus ports (port d’Amunti port d’Avall) i les seves fortificacions, i afavoriren els cotllíurencs amb importants privilegis. Des de l’inici del segle XIII, Cotlliure (juntamentamb Portvendres), plaça de guerra i port principal del Rosselló, ocupava el primer rang després de Perpinyà com a vila privilegiada.
El 24 d’agost de 1207, una carta del rei Pere I atorgava als cotllíurencs “franquesa de lleuda” (taxa sobre les mercaderies), el peatge (pedaticum) i totes les altres taxacions que haguessin estat imposades en virtut de qualsevol usatge, nou o vell. Reduïa a la meitat el dret de mesuratge dins la vila; cadascú tingué des d’aleshores dret d’ús de les seves pròpies mesures, sense pagar dret. També es va reduir a la meitat el dret de pes públic, i s’abolí el dret de “vendrella” (sobre els formatges), el dret sobre tota la tragina (traginum) o obligació de procurar ases o altres bèsties per als transports. Altres avantatges foren: la concessió perpètua “de la fusta, llenya, aigües, pasquers, tant a les muntanyes com a les planes, del riu de Santa Maria fins al coll de Perellós, i de la mar fins a la vall de Sant Martí”; l’abolició perpètua de tota intestia, cugucia, eíxorquia i del judici pel foc i l’aigua; l’exempció de la host, de lleuda, etc. Però Nunó Sanç, en el seu testament del 17 de desembre de 1241, reconeixent que no havia invertit la lleuda que es cobrava des del 1216, com que en aquell moment estaven refent el port i calia també guardar-lo, manà “que fossin restituïts 3 500 sous melgoresos per cadascun dels vint-i-cinc anys que havia percebut l’esmentada lleuda, i que fossin esmerçats en l’obra del dit port, llevat que el senyor papa en volgués fer gràcia i dispensa”.
Cal notar que el valor de la lleuda de Cotlliure serví de referència i de model quan Jaume I establí, responent a la petició dels prohoms de València, el reglament de la lleuda de Tortosa (carta del 16 de febrer de 1249). A partir de la conquesta de les Balears, el canal comprès entre la costa catalana i les Illes era considerat com a mar catalana i tota nau estrangera, en travessar-lo, era sotmesa al pagament de drets de lleuda, percebuts a València, Tortosa o Barcelona, i principalment a Cotlliure. El 1266, durant la campanya de Múrcia, Jaume I, per una carta datada a Xàtiva, el 16 de març, manava fer crides ordenant que tota nau mercant que anés cap a Montpeller, Gènova, Pisa i altres viles d’Itàlia passés vorejant la costa i no per alta mar “a fí de no pagar la lleuda reial per cebuda a Peníscola, Tortosa i Cotlliure”. Tot contraventor seria sotmès a una esmena de mil morabatins d’or.
El darrer testament de Jaume I (26 d’agost de 1272) conté una clàusula que constitueix la primera menció medieval coneguda de Portvendres, aleshores considerada com un simple annex del port de Cotlliure. En aquesta clàusula es manava que el peatge, ja establert a Cotlliure “per fer un port” a Portvendres, fos augmentat i que, d’ara endavant, i a perpetuïtat, cinc mil sous de les rendes de Cotlliure fossin invertits “per fer, mantenir, restaurar i tenir cura de Port Vendres”. Solament després del compliment d’aquesta obra, la mateixa suma seria aplicada a l’obra de creació i de manteniment del port que, com deia el rei, “hem començat a fer a Cotlliure, davant la vila” (és a dir, el port d’Avall, perquè la vila aleshores s’estenia a l’emplaçament del glacis, a l’oest del castell). Quan els dos ports fossin totalment acabats, la renda perpètua de cinc mil sous seria esmerçada ”per al creixement dels habitants de Cotlliure, no consultant més que els interessos dels negociants i de la vila”.
Per una carta del 19 de novembre de 1253, Jaume I havia concedit un interessant privilegi, destinat a afavorir la producció local de vi, segons petició dels homes de Cotlliure. Era rigorosament prohibida la importació a Cotlliure de qualsevol vi estranger o que fos produït o fabricat fora del seu territori. I cap mariner de Cotlliure no podria tampoc carregar cap vi estranger a cap dels ports de la vila.
Però els cotllíurencs, que havien pagat al rei quatre mil sous per obtenir aquest edicte, no tardarien gaire a reconèixer que la darrera restricció no afavoria els interessos de la indústria marítima i en demanaren ells mateixos l’abolició.
Un altre manament de Jaume I feia referència a la regulació viària. Per una carta del 3 d’agost de 1263, era prescrit que els carrers de Cotlliure havien de tenir almenys “una cana de Montpeller , i que els femers que són pels carrers de la vila, on hom diposita immundícies i brutícies, fossin totalment suprimits”.
El 24 de juny de 1274, el rei Jaume I atorgava encara als cotlliurencs les mateixes franqueses de les quals fruïen els perpinyanencs per l’exportació del blat “a totes parts de Cristians”.
La data de concessió de la carta municipal a Cotlliure és fins ara desconeguda, per bé que la primera menció del Consolat és del 1294. Però la institució del Consolat no representava una modificació tan important com s’ha cregut per als prohoms al costat del senyor i del batlle, respecte del sistema d’administració anterior. Més d’una comunitat tenia, al segle XIII, un prohom que la regia amb el títol de rector, i aquest rector en molts casos fou anomenat cònsol, sense la intervenció de cap autorització senyorial o reial. Aquesta era l’opinió d’Alart, corroborada per Brutaíls, i l’estat actual de la documentació no la contradiu, almenys al Rosselló.
La Vila Vella de Cotlliure fou destruïda al mateix temps que l’església parroquial, l’any 1670, per manament del mariscal Vauban. No obstant això, de la Vila Vella resta —amagada pels bastions i baluards dels segles XVI i XVII— una part del seu recinte dels segles XIII i XIV.