Sota el nom d’"operació Anubis" comença una macrooperació policial de la Guàrdia Civil ordenada pel jutjat número 13 de Barcelona per a impedir la celebració del referèndum de l’1 d’octubre pels delictes de desobediència, prevaricació i malversació. Els agents del cos entren a les conselleries d’Economia, d’Afers Estrangers, de Governació i d’Afers Socials, i també a l’Agència Tributària i al Centre de Telecomunicacions i Tecnologia de la Informació. En total, es fan 41 escorcolls, 14 detencions i 20 investigacions de funcionaris, entre els quals hi ha el secretari d’Hisenda, Josep Lluís Salvadó, i el secretari general de la Vicepresidència, Josep Maria Jové. La Guàrdia Civil també escorcolla les empreses privades T-systems i la Fundació PuntCAT, al director del qual, Josep Masoliver, detenen i n’escorcollen el domicili. També escorcollen els domicilis del comissionat per a la transició nacional Carles Viver i Pi-Sunyer, i de l’exsenador Santi Vidal, i la seu de la CUP, aquesta sense ordre judicial, per la qual cosa no poden dur a terme l’operació. El president, Carles Puigdemont, acusa l’Estat espanyol d’haver suspès de facto el Govern de Catalunya i d’aplicar un estat d’excepció. L’operació també suscita una enorme manifestació espontània de protesta a Barcelona, davant la seu del Departament d’Economia. El dia 21, vuit dels catorze detinguts queden en llibertat amb càrrecs i, el 22, sis passen a disposició judicial, mentre el Govern cessa el secretari de la Vicepresidència per no haver d’assumir els 12.000 euros diaris de multa que li imposa el Tribunal Constitucional. L’endemà són alliberats amb càrrecs.