No es tracta d’un partit polític, sinó d’una organització que aplegava grups d’acció i grups d’afinitat ideològica, sovint amb posicions diferenciades. En especial actuà a prop o dins de la CNT amb el propòsit d’esperonar-ne el caràcter revolucionari, garantir-ne la fidelitat a l’ideari anarquista i evitar la influència del reformisme, el comunisme o l’entesa amb els republicans.
Els grups d’acció sorgits entre el 1918 i el 1923, que sovint havien actuat amb autonomia de la CNT, han estat considerats precedents seus. Entre el 1920 i el 1921 intentaren d’unificar-se, fins que es creà una Comisión Nacional de Relaciones Anarquistas (Barcelona, 1922), impulsada pel grup “Los Solidarios” (més tard conegut com “Nosotros”), on destacaven Buenaventura Durruti, Francisco Ascaso, Ricardo Sanz i Joan Garcia Oliver. El 1923 es constituí a Saragossa la Federación Nacional de Grupos Anarquistas, que al març de 1926 afirmà tenir delegacions al Bages, el Berguedà, el Priorat, el Vallès (Rubí i Sabadell), el Penedès i Barcelona.
La creació de la FAI fou fruit d’una reacció davant la repressió de l’anarcosindicalisme sota la dictadura de Primo de Rivera i el cop d’estat militar portuguès de 1926. Inicialment pretengué d’assegurar l’activisme i el predomini de l’ideari àcrata en la CNT. Així, es configurà com una plataforma de grups de caràcter divers, sense que reeixís a reunir tots els col·lectius anarquistes (per exemple, el liderat per Joan Montseny –Federico Urales– a l’entorn de la Revista Blanca i El Luchador en restà al marge fins el 1936), però, en canvi, diversos sectors se’n reclamaren sense estar-hi organitzats. Aviat hi adquiriren un protagonisme destacat els grups d’acció, els comitès propresos i els grups de defensa confederal. Tingué una estructura feble (tot i que en teoria es dotà d’una organització federal que anava des del nivell local al peninsular) i la clandestinitat inicial afavorí l’existència d’una direcció oligàrquica. Es proposà d’establir una vinculació de les diverses parts del moviment àcrata (“la trabazón”) a través d’organismes mixtos. L’afiliació no fou gaire àmplia: a l’octubre de 1933 afirmà tenir 206 grups i 1.400 adherents a Catalunya, i al gener de 1936, 225 grups; altres fonts afirmen que mai no sobrepassà els 30 grups i els 300 integrants a Barcelona abans del juliol de 1936, ja que fins aleshores el “faisme” fou més aviat una actitud de radicalitat que no es materialitzava en una adhesió orgànica. El seu portaveu a Barcelona fou des de 1930 Tierra y Libertad. A Catalunya la seva direcció quedà associada a Los Solidarios-Nosotros, tot i que aquest grup no s’hi integrà formalment fins el 1934.
En instaurar-se la Segona República la FAI adquirí una destacada projecció pública, molt per sobre del seu pes numèric, en gran part gràcies a l’èxit obtingut en liderar la reacció en la CNT contra el Manifest dels Trenta. Així, a l’octubre de 1931 aconseguí la direcció de “Solidaridad Obrera” (Felipe Alaiz) i a l’abril de 1932 assolí la secretaria del Comitè Regional Català (Alejandro J. Gilabert). Aquest mateix any es crearen les Juventudes Libertarias [JL], fortament influenciades pel faisme (“aguiluchos de la FAI”). Defensà l’abstenció electoral i impulsà l’insurreccionalisme (aixecaments de Súria, Sallent i Fígols, 1932), fet que motivà tensions internes: a l’estiu de 1934 el grup Nervio (Diego Abad de Santillán, Pedro Herrera, Joan Peirats) i el grup A (Jacinto Toryho) demanaren endebades l’expulsió de Los Solidarios. Després de la revolució d’octubre de 1934 quedà desorganitzada.
Després del 19 de juliol de 1936, la FAI participà en el Comitè Central de Milícies Antifeixistes (Durruti, Abad de Santillán i Garcia Oliver) i durant els primers mesos de la Guerra Civil tingué un destacat predomini polític i social en la configuració del nou poder revolucionari, no sempre sota el control de la seva estructura orgànica. S’expandí aleshores la identificació entre la FAI i la CNT (hom edità el butlletí CNT-FAI), i el faisme, que passà a tenir 50.000 membres, adquirí un gran ascendent tant en la CNT com en la societat. A l’agost de 1936 un ple del Moviment Llibertari (CNT, FAI i Federación Ibérica de JL [FIJL]) celebrat a Barcelona aprovà l’entrada en el govern català. Quan al maig de 1937 s’inicià el declivi del binomi CNT-FAI, s’hi manifestaren noves diferències internes degudes a la política de pactes de la CNT i a la centralització de decisions, ja que els grups que havien assolit parcel·les de poder (locals o més àmplies) es negaren a perdre-les. En la FAI els enfrontaments foren visibles ja des del mes de març amb la creació de Los Amigos de Durruti (Jaume Balius), que vindicà la “puresa revolucionària” enfront dels “polítics” (notablement Toryho).
En aquest context, un ple peninsular de la FAI (València, juliol de 1937) n’aprovà una reestructuració en la perspectiva de crear una àmplia organització. Suprimí els grups d’afinitat i donà poders executius al Comitè Peninsular, amb l’objectiu de participar en el Govern per tal de guanyar la guerra. Aquesta línia trobà oposició a Catalunya pel seu dirigisme (Peirats abandonà la FAI), mentre que s’alçaren veus que demanaven explícitament un partit (Horacio M. Prieto). Al març de 1938 a Catalunya la CNT, la FAI i la FIJL, sota l’impuls de Garcia Oliver, s’uniren en el Moviment Llibertari. Al mateix mes la CNT i la UGT establiren un pacte i a l’abril la CNT entrà en el govern de Negrín. Aquests fets accentuaren les divergències en el si del moviment anarquista i de la mateixa FAI. Finalment, a l’octubre es produí el trencament entre el Comitè Nacional de la CNT i el Comitè Peninsu-lar de la FAI (ple de regionals del Moviment Llibertari, Barcelona). El 25 febrer de 1939 la FAI s’integrà a París en un Consejo General del Movimiento Libertario.
El 1945 reaparegué a l’interior i a l’exili per combatre el “col·laboracionisme” de la CNT, però tingué una existència esporàdica, substituïda en l’activisme pels grups “específics”. Acabat el franquisme, a partir del gener de 1977 hi hagué intents de reconstrucció de la FAI (reaparegué Tierra y Libertad), la qual al març de 1979 celebrà una I Conferencia Peninsular, sense continuïtat, a causa, d’una banda, de l’oposició de la CNT, que ho considerà un intent del sector “oficial” de l’exili per controlar l’organització interior (fet que portà a la creació d’una alternativa Federación Ibérica de Grupos Anarquistas), i de l’altra, a causa de la pressió policíaca, visible en el “cas Scala” (gener de 1978).